Vzniká tak nový právny subjekt, ktorý bude združovať najlepšie tímy zo strategických odborov z celej Európy. Inštitút má byť vlajkovou loďou vynikajúcich výsledkov vo vysokoškolskom vzdelávaní, výskume a v inováciách, ako aj strediskom najlepších "mozgov" a firiem, ktoré bude šíriť svoje výsledky po celej Európe.

ETI bude mať nasledovnú štruktúru: Správna rada bude vyberať konzorciá univerzít,  výskumných organizácií a podnikov, ktoré následne vytvoria partnerstvá nazvané "Znalostné a inovačné spoločenstvá" (ZIS). Každé ZIS by pritom malo byť tvorené najmenej tromi partnerskými organizáciami, pričom bude musieť zahŕňať minimálne jednu vysokú školu a jednu súkromnú spoločnosť. Univerzity, ktoré sa na takomto spoločenstve zúčastnia, budú môcť na nimi vydávané diplomy a osvedčenia pridávať "značku EIT".

Osemnásť mesiacov od zriadenia ETI (v druhej polovici roka 2009)  má Správna rada vybrať prvé dve alebo tri znalostné a inovačné spoločenstvá, ktoré majú byť zamerané na riešenie výziev v oblastiach klimatických zmien, obnoviteľných energií či v oblasti novej generácie informačných a komunikačných technológií. EIT bude mať po prijatí svojej prvej "strategickej inovačnej agendy" možnosť vybrať ďalšie znalostné a inovačné spoločenstvá. Táto agenda by mala označiť strategické oblasti, v ktorých bude EIT v budúcnosti pôsobiť. Inštitút by mal vypracovať strategickú inovačnú agendu najneskôr do polovice roku 2011 a potom každých sedem rokov. Príspevok Spoločenstva na chod ETI je vo výške 308,7 miliónov EUR.

Nateraz nie je známe administratívne sídlo inštitútu, v ktorom sa budú konať aj zasadania správnej rady. Rozhodovať o tejto otázke by mala Rada pre konkurencieschopnosť ešte počas slovinského predsedníctva. Uchádzačov je viacero: poľský Wroclaw, Budapešť, nemecké mestá Aachen či Braunschweig a spoločná kandidatúra Viedne a Bratislavy.   Pri rozhodovaní sa zrejme bude pridržiavať nepísanej dohody, že sídla nových agentúr EÚ by mali byť predovšetkým v „nových“ členských krajinách. Nemalo by pritom vôbec ísť o porovnávanie infraštruktúry pre vedu a výskum, nakoľko pôjde len o sídlo administratívne. Takže presadzovanie kandidatúry opierajúcej sa o fungujúce siete výskumu a vývoja by nemalo byť vôbec relevantné (ako to napríklad robí Budapešť či Wroclaw). Výhodou bude aj dobré dopravné spojenie, to hlavne pre potreby stretnutí správnej rady. Z tohto pohľadu sa zdá byť spoločná kandidatúra Viedne a Bratislavy veľmi rozumná i reálna s pridanou hodnotou blízkosti týchto dvoch hlavných miest. Obsahuje aj prvok „novej členskej krajiny“,  výhodnú dopravnú polohu oboch metropol a dostatok know-how  rakúskeho hlavného mesta ako sídla mnohých medzinárodných organizácií a agentúr.